El proyecto determina que los instrumentos de justicia transicional tendrán como finalidad prevalente la terminación del conflicto armado interno y el logro de la paz estable y duradera, garantizando la seguridad de todos los colombianos. Para ello, propone las siguientes medidas que tendrán un carácter excepcional.
1. Con el fin de hacer efectiva la investigación de los procesos de justicia y paz, la ley establece la posibilidad de clasificar y priorizar los distintos delitos para que la Rama Judicial se concentre en la investigación y sanción de quienes tuvieron la mayor responsabilidad en la ocurrencia de los hechos más graves. La ley podrá diseñar instrumentos de justicia transicional de carácter no judicial que permitan garantizar los deberes estatales de investigación y sanción de quienes tuvieron menor responsabilidad.
2. Se podrán establecer criterios de priorización y selección de casos para ser juzgados por medio de mecanismos judiciales o no judiciales. El Gobierno Nacional será el encargado de presentar al Congreso los proyectos de ley que determinen dichos criterios.
3. El legislador podrá ordenar la renuncia a la persecución penal de los casos que no sean seleccionados o priorizados. Cuando esto ocurra, se debe ordenar la aplicación de mecanismos colectivos y no judiciales de investigación y sanción.
4. Cuando por iniciativa del Gobierno Nacional, así lo disponga el Legislador por el voto de la mayoría absoluta de los miembros de una y otra cámara, los miembros de grupos armados al margen de la ley que se desmovilicen podrán acceder a cargos de elección popular y ser designados como servidores públicos.