El objetivo del Protocolo es contribuir a garantizar un nivel adecuado de protección el la esfera de la transferencia, manipulación y utilización seguras de los organismos vivos modificados resultantes de la biotecnología moderna que puedan tener efectos adversos para la conservación y la utilización sostenible de la diversidad biológica teniendo también en cuenta los riesgos para la salud humana y centrándose concretamente en los movimientos transfronterizos.