La legitimidad del Congreso y de los congresistas, punto que se traduce en el otorgamiento de nuevas funciones en relación con el diseño, debate y aprobación de la ley de presupuesto y en la introducción de prohibiciones y sanciones adicionales, enmarcadas en la lucha contra la corrupción, concretamente los temas de los auxilios, de la inhabilidad perpetua y de las nuevas causales de pérdida de investidura. La estructura del Congreso, que se redefine al disminuir en un 20% la cantidad de sus miembros, mantener esta cifra prácticamente invariable en el futuro, determinar nuevos sistemas para la asignación de curules y asegurar mayor representación a las minorías políticas en ambas cámaras.
El funcionamiento del Congreso y la transparencia en sus actuaciones, aspectos que se fortalecen especialmente mediante los mecanismos del voto nominal y público como regla general, la eliminación de las suplencias y la supresión de sus funciones administrativas. La consolidación de un sistema de partidos políticos conformado por instituciones serias, fuertes y representativas, que permita en todo caso la participación de grupos significativos de ciudadanos en cumplimiento de los requisitos definidos por la ley. La racionalización del gasto es uno de los ejes que ha motivado varias de las disposiciones contenidas en el referendo. En este sentido, se eliminan todas las contralorías territoriales y las personerías de los municipios y distritos más poblados del país; se congela el gasto público de funcionamiento nacional y territorial, incluidas las remuneraciones y pensiones superiores a dos salarios mínimos legales mensuales durante dos años, y los salarios y pensiones de altos cargos durante cuatro años, y se establece un límite permanente al monto que puede corresponder por concepto de pagos por pensiones. Se indica, que el ahorro que se genera con estas medidas se destinará esencialmente a educación y saneamiento básico. Por otra parte, para asegurar que los recursos provenientes de las regalías indirectas contribuyan con el gasto social, se concreta su destinación específica para educación, saneamiento y pensiones territoriales.